Etelä-Karjalan liitto tekee yhteistyötä eri muodoissa eri maakuntien kanssa mm. ohjelmatyössä. Etelä-Karjalan asema Etelä-Suomen itäisimpänä ja Itä-Suomen eteläisimpänä maakuntana on johtanut yhteistyöhön sekä Etelä-Suomen liittoumassa että Itä-Suomen maakuntien neuvottelukunnassa.
Maakuntajohtajien kokoukset
Suomen maakuntajohtajat pitävät kokouksia kerran kuussa. Maakuntahallitusten puheenjohtajat kokoontuvat myös ajoittain. Maakuntahallitusten ja maakuntajohtajien kokoukset antavat mm. kannanottoja ajankohtaisista aiheista.
Itä-Suomen neuvottelukunta
Itä-Suomen neuvottelukunta on yhteistyöelin Itä-Suomen maakuntien yhteisten asioiden käsittelyyn. Neuvottelukuntaan kuuluvat Etelä-Karjalan, Etelä-Savon, Kainuun, Pohjois-Karjalan ja Pohjois-Savon maakunnat. Itä-Suomen neuvottelukunta edistää Itä-Suomen yhteisiä asioita sekä kansallisella että kansainvälisellä tasolla.
Itä-Suomen neuvottelukunta kokoontuu 2-3 kertaa vuodessa. Puheenjohtajuus vaihtelee maakunnalta toiselle.
Neuvottelukunta on luonteeltaan yhteistyöelin, joka antaa yhteisiä kannanottoja ja suosituksia. Varsinaiset päätökset asioista tehdään jäsenmaakuntien maakuntahallituksissa. Neuvottelukunnan työvaliokuntana toimii maakuntajohtajien kokous.