Etelä-Karjalan liiton ylintä päätösvaltaa käyttää maakuntavaltuusto. Se päättää maakunnan kehittämisen strategisista linjauksista ja luo maakunnan tahtotilan. Maakuntavaltuusto hyväksyy liiton toimintasuunnitelman, talousarvion, toimintakertomuksen ja tilinpäätöksen.
Maakuntavaltuuston paikat jakautuvat puolueiden kesken kunnallisvaalien tulosten perusteella. Kustakin jäsenkunnasta valitaan maakuntavaltuustoon yksi jäsen jokaista alkavaa 5 000 asukasta kohti. Maakuntavaltuuston jäsenet ja varajäsenet valitaan jäsenkuntien kunnanvaltuustojen jäsenistä. Tasa-arvolain vaatimukset on otettava huomioon valtuuston kokoonpanossa. Maakuntavaltuuston kokouksissa on kullakin jäsenellä yksi ääni.
Maakuntavaltuuston jäsenmäärä jakautuu kunnittain seuraavasti:
Imatra 5, Lappeenranta 15, Lemi 1, Luumäki 1, Parikkala 1, Rautjärvi 1, Ruokolahti 1, Savitaipale 1, Taipalsaari 1.
Maakuntavaltuuston puheenjohtajisto valitaan uuden valtuustokauden ensimmäisessä kokouksessa.
Valtuusto kokoontuu vähintään kaksi kertaa vuodessa.