Etelä-Karjalan liiton käytännön hallintoa johtaa maakuntavaltuuston valitsema yhdeksänjäseninen maakuntahallitus. Hallituksen koostumuksessa on otettava huomioon poliittisten puolueiden saama kannatus kunnallisvaaleissa, seutukuntien mahdollisimman tasapuolinen edustus sekä tasa-arvolaki. Maakuntahallitus kokoontuu kerran kuukaudessa, ja esittelijänä toimii maakuntajohtaja.
Etelä-Karjalan nykyinen maakuntahallitus aloitti syksyllä 2025. Puheenjohtajana toimii kansanedustaja Niina Malm (SDP) Imatralta.
Maakuntahallituksen paikat
| Jäsen | Varajäsen | Puolue | Paikkakunta |
| Niina Malm, pj. | Tomi Menna | SDP | Imatra |
| Joonas Grönlund, 1. varapj. | Matti Hiltunen | KOK | Lappeenranta |
| Eveliina Lohko, 2. varapj. | Sami Sinkkonen | KESK | Lappeenranta (Parikkala) |
| Linda Brandt-Ahde | Mari Ylhäinen | KOK | Lappeenranta |
| Hanna Holopainen | Hanna-Kaisa Lähde | VIHR | Lappeenranta (Imatra) |
| Petri Näivä | Jani Naskali | SDP | Lappeenranta |
| Pia Rantanen | Anna Helminen | KOK | Imatra |
| Jussi Tauriainen | Kimmo Ruokoniemi | SDP | Lappeenranta |
| Kimmo Tiilikainen | Helena Roiha | KESK | Ruokolahti (Imatra) |
Maakuntahallituksen työvaliokunta
Hallituksen työvaliokunta valmistelee maakuntahallituksen käsittelyyn tulevia asioita sekä antaa aikataulusyistä kiireelliset lausunnot ja avustaa viraston johtoa nopeaa reagointia vaativissa asioissa. Hallituksen päätösvaltaa ei kuitenkaan delegoida työvaliokunnalle, vaan päätösasiat käsitellään aina maakuntahallituksessa.
Työvaliokuntaan kuuluvat maakuntahallituksen puheenjohtaja ja varapuheenjohtajat. Esittelijänä toimii maakuntajohtaja ja sihteerinä maakuntahallituksen sihteeri.
Maakuntahallituksen yhteystiedot
Maakuntahallituksen yhteystiedot löytyvät täältä.
Maakuntahallituksen pöytäkirjat ja esityslistat ovat nähtävillä erillisessä Dynasty-asiainhallintajärjestelmässä.
Asiakirjat ovat nähtävillä kaksi vuotta. Kahta vuotta vanhemmat pöytäkirjat ovat nähtävillä Etelä-Karjalan liiton arkistossa.
Kokouksen viimeisin pöytäkirja tallennetaan sivulle heti, kun se on tarkistettu. Tarkistus kestää noin kaksi viikkoa kokouksesta. Sitä ennen sivulta löytyy viimeisen kokouksen esityslista.